1. Следите за статистикой — нет ли провалов по трафику или каких-либо подобных нездоровых тенденций.
2. Проверяйте индексацию запросом [site:yoursite.com] в Гугле — не изменилось ли резко число страниц.
3. Проверьте, нет ли проблем с сайтом в Google Webmaster Tools.
4. Посмотрите PR на тулбаре Гугла (серая полоска — это крайне плохой знак).
5. Сделайте поиск по «имени-домена» (без зоны, т.е. actualkeywords, например) — если нет среди первых страниц, то почти наверняка пенальти.
6. Проверьте, не считает ли Гугл ваш сайт «опасным»: http://www.google.com/safebrowsing/diagnostic?site=yoursite.com.
7. Проверьте HTML код страниц сайт на предмет наличия там левых ссылок или прочих чужеродных вставок.
8. Проверьте другие ваши сайты. Бывает так, что Гугл дает пенальти домену, на котором NS-ы размещены.
9. Сделайте поиск в Гугле по точному вхождению длинной фразы с какой-либо страницы сайта — именно та страница, с который вы фразу взяли, должна быть на первом месте.
10. Проверьте, нет ли такого, что страницы сайта показываются только при добавления параметра &filter=0 в урл поиска либо по нажатию на “show omitted results” (обынчо это за дублрированный контент накладывается).